In de eierstokken zijn veel onrijpe eicellen aanwezig. In een normale cyclus produceren de hersenen een hormoon (het Follikel Stimulerend Hormoon= FSH) dat de eierstokken aanzet een onrijpe eicel tot een eiblaasje (of follikel) te ontwikkelen. Dit follikel produceert, als het voldoende is ontwikkeld, oestrogeen. Dit is een hormoon dat er voor zorgt dat het baarmoederslijmvlies gaat groeien en de afgifte van het FSH door de hersenen wordt afgeremd.
Tegelijkertijd stimuleert oestrogeen de afgifte uit de hersenen van een ander hormoon, namelijk het luteïniserend hormoon (LH). Halverwegende cyclus is de hoeveelheid LH in het bloed het hoogst. Dit veroorzaakt een eisprong. Vervolgens maken de eierstokken na de eisprong ook progesteron aan. Onder invloed van dit hormoon komt de verdere groei van het baarmoederslijmvlies tot stand. Een bevruchte eicel kan zich nu nestelen in het baarmoederslijmvlies. Gebeurt dit echter niet dan daalt de hoeveelheid oestrogenen en progesteron in het bloed, waardoor het baarmoederslijmvlies wordt afgestoten en de menstruatie volgt. Door de lage hoeveelheid oestrogeen in het bloed wordt de afgifte van FSH door de hersenen niet meer geremd en kan er een nieuw eitje tot ontwikkeling komen. Hiermee begint een nieuwe cyclus.
Een vrouw met PCOS maakt teveel oestrogenen aan. Dit remt in de hersenen de vorming van FSH en bevordert LH afgifte, waardoor het follikel niet voldoende tot ontwikkeling komt. Er vindt geen eisprong plaats waardoor er geen menstruatie volgt en de vrouw die maand niet zwanger kan worden. In de eierstok blijft het follikel intact en vormt een kleine cyste. Deze cysten zijn te zien als een ‘kralenkrans’.